這一時(shí)期，由于國(guó)家經(jīng)濟(jì)形勢(shì)的飛速發(fā)展，能源短缺現(xiàn)象日趨嚴(yán)重，國(guó)家核電產(chǎn)業(yè)迎來第二輪發(fā)展的新時(shí)期。我公司成功地獲得了國(guó)家“九五”期間建造的全部四個(gè)核電項(xiàng)目核島安裝工程合同，在國(guó)家第二輪核電建設(shè)中發(fā)揮了重要作用。 

2002年4月15日，秦山二期核電站1號(hào)機(jī)組提前47天投入商業(yè)運(yùn)行；2004年5月3日，2號(hào)機(jī)組投入商業(yè)運(yùn)行。

2002年5月28日，嶺澳一期核電站1號(hào)機(jī)組比計(jì)劃提前48天投入商業(yè)運(yùn)行；2003年1月8日，2號(hào)機(jī)組提前66天投入商業(yè)運(yùn)行。

2002年12月31日，秦山三期核電站1號(hào)機(jī)組提前43天正式投入商業(yè)運(yùn)行；2003年7月24日，2號(hào)機(jī)組正式投入商業(yè)運(yùn)行，比計(jì)劃進(jìn)度提前112天。

這一時(shí)期，公司還先后參與建設(shè)了海南某工程、中國(guó)原子能科學(xué)研究院快中子實(shí)驗(yàn)反應(yīng)堆、中國(guó)先進(jìn)研究堆、神舟飛船模擬艙KM6工程、中國(guó)工程物理研究院NP項(xiàng)目、航空一集團(tuán)624工程等國(guó)防系統(tǒng)工程，成功開發(fā)并完成了美國(guó)通用電氣塑料（中國(guó)）公司擴(kuò)建工程、寧夏龍欣年產(chǎn)30萬噸甲醇汽油項(xiàng)目、上海IIP項(xiàng)目、廣東LNG項(xiàng)目、蘇州尚美國(guó)際化妝品有限公司安裝工程、天津LG項(xiàng)目燒堿裝置等大型民用項(xiàng)目工程建設(shè)任務(wù)；并以BOT方式承建了江蘇省徐州市荊馬河污水處理廠一期工程。

在這一時(shí)期里，1998年8月，公司在第四屆職工代表大會(huì)暨第五次工會(huì)會(huì)員代表大會(huì)召開之際，在燕郊總部舉辦了公司成立四十華誕慶祝活動(dòng)。同月，公司第四次黨代會(huì)在燕郊總部召開。

2000年10月，公司第二次科技大會(huì)在燕郊基地總部召開。

2003年10月，公司嶺澳核電站和秦山三期坎杜核電站核島安裝工程等兩項(xiàng)施工活動(dòng)成果被評(píng)選為第八批中國(guó)企業(yè)新紀(jì)錄并受到表彰。

2003年12月，公司“5235”人才工程首批人選確定，260余名員工入選。

2003年底，公司通過了ISO14000環(huán)境管理體系認(rèn)證和OHSAS18000職工健康安全管理體系認(rèn)證工作。

2004年6月，公司黨委首次獲得部級(jí)以上殊榮--被國(guó)資委黨委授予“中央企業(yè)先進(jìn)基層黨組織”稱號(hào)。

這一時(shí)期，公司奮發(fā)圖強(qiáng)，改革步伐加大，綜合實(shí)力不斷增強(qiáng)。通過參加不同堆型的核電站建設(shè)，公司全面掌握了百萬千瓦級(jí)大型商用核電站核島安裝的關(guān)鍵技術(shù)，形成了以核電站核島主回路系統(tǒng)安裝施工技術(shù)為代表的成套施工工藝技術(shù)和具有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的計(jì)算機(jī)輔助管理系統(tǒng)，以精湛的技術(shù)和可靠的質(zhì)量贏得了良好的信譽(yù)，鞏固和發(fā)展了核電建設(shè)主力軍和排頭兵地位。同時(shí)，公司在國(guó)防系統(tǒng)工程和民用工程建設(shè)中也進(jìn)一步樹立了良好的形象。“中核二三”的品牌影響力進(jìn)一步增強(qiáng)。